La deuxième saison ouvre sur l'arrivée de deux nouveaux personnages, Ethan Zobelle et son associé A.J. Weston, tous deux séparatistes blanc, descendant dans la ville de Charming. Zobelle et Weston cherchent à chasser les Sons of Anarchy de la ville, au nom d'un groupe de résidents fortunés cherchant à l'agrandir (ce que SAMCRO a toujours combattu, afin d'y maintenir son contrôle). Le duo fait alors connaître ses intentions au club en kidnappant Gemma Teller et en organisant son viol comme message à Clay et au club.

En interne, la relation entre Jax et Clay devient de plus en plus tendue, ce dernier désignant pour coupable du meurtre de la femme d'Opie, Donna, un membre des Mayans pour cacher l'assassinat commis par Tig. Jax et le père de Opie, Piney, doivent alors cacher la vérité sur le meurtre de Donna à Opie et au reste de SAMCRO pour le bien du club.