La quatrième saison reprend 14 mois après la saison 3, lorsque les Sons arrêtés par l'agent June Stahl sortent de la prison de Stockton. En arrivant à Charming, ils découvrent un nouveau chef de la police, le lieutenant Eli Roosevelt (Rockmond Dunbar). Tara a accouché de Thomas, le fils de Jax, tandis que Abel, lui, a grandi. Il y a aussi un nouvel arrivant à Charming, Lincoln Potter, l'assistant du procureur qui fait des recherches sur les Sons Of Anarchy et sur leurs vieilles connaissances, l'IRA. Clay conclut un accord avec Romero Parada (Danny Trejo), un membre haut placé du Cartel Galindo, gang spécialisé dans le trafic de drogue, auquel les Sons of Anarchy devront livrer des armes. Sans en informer les membres, Clay accepte de véhiculer les livraisons de cocaïne, moyennant une forte rétribution. Lorsque Jax est mis au courant, il désavoue Clay mais accepte de le soutenir si celui-ci le laisse quitter SAMCRO.

Tara, quant à elle, retrouve les lettres que Maureen Ashby avait caché dans la valise de Jax lors du retour de Belfast. Ce sont des lettres que John Teller avait écrites avant de mourir et qui prouvent que l'instigateur du meurtre du père de Jax, John Teller, n'est autre que Clay, qui voulait empêcher son chef de mettre fin au lucratif trafic d'armes des SoA. Tara met Piney au courant, et celui-ci menace Clay de dévoiler la vérité. Clay abat Piney. Gemma trouve les lettres dans les affaires de Tara mais comprend que ce ne sont que des copies, Tara ayant caché les originaux. Quand Clay l'apprend, il engage un tueur du Cartel Galindo pour assassiner Tara, mais les plans de celui-ci sont contrecarrés par Jax, qui sauve sa fiancée. Gemma, ayant compris que Clay avait tué Piney et tenté de faire assassiner Tara, s'en prend à lui, mais est rouée de coups par Clay. Unser l'apprend et décide d'informer Opie que Clay a tué son père. Celui-ci, fou de rage, tire sur son chef, qui finit à l'hôpital.

Jax apprend finalement l'existence des lettres et demande à Clay de se retirer de la présidence, ne le tuant pas parce que les Irlandais n'ont confiance qu'en lui.

Dans un revirement de situation, Lincoln Potter et l'ATF, qui s'apprêtaient à capturer les Sons of Anarchy, ainsi que les chefs de l'IRA véritable et ceux du Cartel Galindo, sont stoppés par Romero Parada qui s'avère être un membre de la CIA, qui aide le Cartel Galindo afin de se débarrasser des autres organisations criminelles.

Jax, en voulant se retirer du marché, est mis au courant par Parada, qui lui ordonne de rester président des SoA, sans quoi le club sera dissous et les membres emprisonnés.

Ainsi, Jax devient président du club et Chibs le sergent d'armes. Le doute plane sur l'identité du vice-président. Jax voudrait qu'Opie prenne la charge, mais on ne sait pas si celui-ci va accepter. Clay, quant à lui, reste à l’hôpital.