La troisième saison reprend peu de temps après la fin de la saison 2 : Jax est désespéré par l'enlèvement de son fils, SAMCRO cherche un nouveau fournisseur d'armes tout en enquêtant sur l'enlèvement d'Abel, tandis que Cameron se cache à Belfast avec le bébé. La veillée funéraire en l'honneur de Half-Sack (le prospect, tué par Cammy Hayes) tourne au drame lorsque le petit gang des Calaveras (engagé par les Mayans) profite du rassemblement de tous les Sons pour déclencher une fusillade, provoquant la mort du chef-adjoint Hale et de plusieurs innocents. Cette fusillade, ainsi que le discours moralisateur de Clay (sur le fait que Jax représente l'avenir du club) poussent Jax à se reprendre en main et à réagir pour retrouver son fils. De son côté, Gemma se retrouve en cavale après avoir été piégée par l'agent Stahl. Accompagnée de Tig, elle se cache chez son père (atteint d'Alzheimer) et doit empêcher la garde-malade de celui-ci de la dénoncer aux autorités pour toucher la récompense.

La deuxième partie de saison se déroule en grande partie en Irlande, au chapter de Belfast, présidé par un des 9 fondateurs (First 9) des Sons, Keith McGee. Toujours sous le coup d'une obligation de comparaître lors d'un procès, les membres de SAMCRO (Clay, Jax, Bobby, Opie, Juice, Chibs et Happy) s'envolent pour l'Irlande dans le but de retrouver Abel. Les ennuis ne tardent pas à leur tomber dessus : le père Kellan Ashby, conseiller militaire de l'IRA, utilise Abel comme moyen de pression contre Jax; un des leaders de l'IRA (Jimmy O'Phelan) veut cesser le trafic d'armes et se débarrasser de Clay et de Jax, tandis que même les membres dirigeants des Sons de Belfast (Le président Keith McGee et le Sergent d'Armes Liam O'Neill) complotent avec Jimmy O pour tuer leurs "frères" de SAMCRO. Après de nombreuses péripéties, trahisons, coups de théâtre, révélations familiales, McGee et O'Neill seront tués par SAMCRO à cause de leur trahison, Jax repartira d'Irlande avec Abel et en s'étant découvert une nouvelle famille (Trinity Ashby se trouve être sa demi-sœur, la fille de John Teller et de Maureen Ashby).

La fin de la saison 3 permet aux Sons de régler tous leurs comptes avec l'ATF et avec Hector Salazar, l'ex-Président des Calaveras. Ce dernier ayant kidnappé Tara, Jax choisira sa propre vengeance personnelle au lieu du bien de Charming et finira par le tuer. Salazar était en effet le seul à pouvoir relier le maire de Charming, Jacob Hale Jr., au meurtre du vieux propriétaire de la salle de sport, Lumpy Feldstein. Puis, au terme d'un épisode riche en rebondissements et trahisons, SAMCRO se débarrassera de Jimmy O'Phelan et de l'agent de l'ATF June Stahl.